Bão Ngầm đã khép lại hành trình của mình, để lại nhiều tiếc nuối trong lòng người xem vì nhiều cảnh phim bị cắt bỏ.
Cuộc đấu trí giữa lực lượng công an và tổ chức buôn bán ma túy trong Bão Ngầm cuối cùng cũng kết thúc với phần thắng thuộc về các chiến sĩ mưu trí, anh dũng, không ngại hy sinh. Các nhân vật chính đã tự mình đưa ra lựa chọn cho tương lai của bản thân sau khi kết thúc chuyên án đầy nguy hiểm này.
Đầu tiên là Hạ Lam (Cao Thái Hà), cô đã phải chứng kiến bác sĩ Hùng (Lê Hải) tự sát ngay trước mặt mình. Bởi khi biết được người vợ sắp cưới chính là trinh sát ma túy được gài vào gia đình mình, tiếp cận anh để lấy thông tin, Hùng cảm thấy bản thân bị lừa dối và phản bội. Anh càng mất niềm tin hơn khi anh trai và chị dâu bị dồn đến bước đường cùng đã tự sát.
Dù Hạ Lam đã lấy đưa con trong bụng ra để ngăn anh làm điều dại dội nhưng Hùng vẫn cương quyết: "Tình yêu tôi dành cho em là tất cả từ con tim. Nếu có một ngày em lừa dối thì tôi sẽ chết. Tôi không còn gì trên đời này nữa".
Mất đi người đàn ông mà bản thân yêu thật lòng, Hạ Lam dù trở lại làm việc ở đơn vị công an nhưng thường xuyên rơi vào trạng thái thẫn thờ, đau lòng. Thiếu tướng Hoạch (NSND Trần Nhượng) biết chuyện cô đã có thai với đối tượng được cơ quan giao tiếp cận, khi đến gặp Hạ Lam, ông lộ ra gương mặt có nhiều điều muốn nói nhưng lại thôi. Cuối cùng, Hạ Lam quyết định viết đơn xin ra khỏi ngành, ở ẩn sinh con.
Trong khi đó, Hải Triều (Hà Việt Dũng) với những đóng góp to lớn cho chuyên án đã được thăng chức lên Phó phòng và vượt cấp từ Đại úy lên Thiếu tá. Trở về đơn vị, Hải Triều được anh em đồng đội vui mừng chào đón. Tại đây, anh cũng buồn khi thông báo với đồng đội Hạ Lam đã xin nghỉ việc. Khi mọi người hỏi lý do thì anh đáp không biết.
Hải Triều và Yến (Thanh Bi) cũng có cuộc nói chuyện thẳng thắn sau khi chuyên án được khép lại. Cô thẳng thắn hỏi người đàn ông mà mình yêu hết lòng: "Anh có bao giờ nghĩ chúng ta sẽ trỏ thành vợ chồng, có con và sống với nhau đến cuối cuộc đời không?". Hải Triều đáp: "Anh sẽ cưới em nhưng bây giờ chưa phải là thời điểm thích hợp".
Hải Triều hứa đôi ba năm nữa sẽ cưới Yến. Tuy nhiên, cô nàng đau lòng nói: "Em nghĩ rằng anh vẫn chưa quên được Lam. Chuyện anh cưới em chỉ là vì trách nhiệm của một người đàn ông đúng không? Hôm nay, em hỏi anh để cho anh một cơ hội nói thật với lòng mình.
Em không còn dành thời gian cho anh nữa, thứ em cần là một tình yêu thật sự chứ không phải là trách nhiệm hay vì thương hại em. Em đã xin chuyển công tác, tuần tới em sẽ lên làm việc ở Tứ Bình. Em nghĩ rằng chúng ta không nên gặp nhau miễn cưỡng như thế này nữa."
Một năm sau, Hạ Lam - Hải Triều và Yến gặp nhau tại một lễ hội. Hải Triều quan tâm hỏi Yến xem bố mẹ Lam có hay lên thăm cháu hay không. Yến thoải mái đáp bố mẹ Lam mỗi tháng lại lên thăm con gái và cháu một lần, cũng muốn Lam chuyển công tác về Hưng Hòa nhưng cô nhất quyết không đi.
Khi Triều có việc phải rời đi, Hạ Lam nhìn theo bóng dáng anh với nhiều cảm xúc lẫn lộn. Rồi cô ôm lấy con để trấn tĩnh bản thân.
Trước khi phải vào một chuyên án dài hơi, Hải Triều còn tới tặng quà riêng cho Lam và con của cô. Anh mỉm cười dặn dò: "Sẽ rất lâu nữa, anh mới có thời gian lên thăm em và cháu, nhớ giữ gìn sức khỏe nhé. Anh đi nhá."
Kẻ xấu đã bị trừng trị, Lam - Triều và Yến cũng đã thoải mái với cuộc sống hiện tại của mình. Nhưng rất nhiều khán giả bày tỏ rằng vì bị cắt nhiều tập nên tập cuối Bão Ngầm rất vội vã, các tình tiết rời rạc, thiếu logic.
Nhiều người xem đã ngóng chờ những cảnh được "nhá hàng" như Hạ Lam ôm bụng bầu vào ngôi nhà hoang được tiết lộ trong chương trình VTV Kết Nối; hay cảnh Triều và Lam mặc quân phục nhưng lại rẽ 2 ngã khác nhau trong trailer dù Bão Ngầm đã hết thì loạt tình tiết này vẫn chưa được lên sóng. Họ cho rằng nếu thấy được Hạ Lam vất vả khi phải sinh con một mình có thể cô sẽ nhận được nhiều sự thương cảm từ người xem hơn.
Tranh cãi của khán giả xung quanh tập cuối phim "Bão Ngầm".
Một số người còn bày tỏ sự tiếc nuối khi Đại tá Hà thật sự đã hy sinh, anh xuất hiện trong tập cuối là nhờ những hồi tưởng của Triều. Có cư dân mạng còn cho rằng Hùng không đáng phải chết vì anh không biết chuyện anh trai mình buôn bán ma túy, giá như Hùng còn sống thì một nhà ba người Hạ Lam vẫn có thể đến nơi khác, bắt đầu cuộc sống mới. Với tài năng chữa bệnh của Hùng, anh sẽ có thể lo cho vợ con. Nhưng kết thúc Bão Ngầm không thể nào thay đổi được.
