Theo Cục Quản lý đê điều và Phòng chống thiên tai (Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn), tính đến 18h ngày 12/9, đã có 336 người chết, mất tích (gồm 233 người chết và 103 người mất tích) do lũ quét, sạt lở đất và ảnh hưởng của bão số 3.
Lào Cai là địa phương thiệt hại nặng nhất khi có 98 người chết và 81 người mất tích. Ban Chỉ huy Phòng chống thiên tai và tìm kiếm cứu nạn tỉnh Lào Cai cho biết, riêng vụ lũ quét tại thôn Làng Nủ (xã Phúc Khánh, huyện Bảo Yên), đến ngày 12/9, cơ quan chức năng đã tìm thấy 47 thi thể nạn nhân và vẫn còn 59 người dân mất tích.
Yên Bái có 48 người chết và 2 người mất tích. Mưa lũ, sạt lở đất, ngập lụt cũng làm 22.900 nhà dân ở tỉnh này bị thiệt hại, hư hỏng, ngập lụt, trong đó có 128 nhà dân sập đổ hoàn toàn, và hơn 21.400 nhà bị ngập lụt. Toàn tỉnh Yên Bái cũng di dời gần 12.400 hộ dân trong vùng nguy hiểm để bảo đảm an toàn.
Ngoài ra, trong ngày 12/9, tỉnh Tuyên Quang phát hiện thêm 2 người chết do bão, nâng tổng số người chết tại địa phương này 5 người.
