Apple đã cải tiến khá nhiều tính năng đọc dấu vân tay của người dùng trên iPhone 5S.
Một trong những điểm đặc biệt ở cảm biến vân tay của iPhone 5S là nó có thể đọc thông tin vân tay từ phía trong của lớp biểu bì nhờ vào tín hiệu RF chứ không đơn thuần hoạt động với lớp da phía ngoài của vân tay. Đồng nghĩa rằng tính năng mở khóa của iPhone 5S chỉ có thể làm việc với ngón tay thật sự của người dùng thay vì vân tay giả hay ngón tay đã bị cắt rời. Điều này sẽ bảo vệ người dùng khỏi những tên trộm nguy hiểm cố gắng cắt ngón tay nạn nhân để mở khóa điện thoại hay những kẻ dùng ngón tay giả sử dụng dấu vân tay lưu dấu từ màn hình điện thoại của họ.
Bên cạnh đó, cảm biến vân tay trên iPhone 5S còn có thể nhận diện được dấu vân tay từ mọi hướng giúp cho thao tác mở khóa bằng vân tay dễ dàng hơn rất nhiều. Ngoài tác dụng mở khóa, nó còn được dùng để xác thực các giao dịch qua điện thoại mà không cần phải nhập mật khẩu.