Bị vua Lê Thái Tông phát hiện ở nhà “lập đàn cúng để cầu cho con gái được vua yêu”, mà vị Tể tướng, khai quốc công thần triều Hậu Lê bị ép tự sát, còn con gái ông cũng bị vua ruồng bỏ.
Sau khi Lê Thái Tổ mất năm 1433, vua Lê Thái Tông được đưa lên ngôi khi mới 11 tuổi. Nhờ sự phò tá của các công thần từ cuộc khởi nghĩa Lam Sơn như Lê Sát, Lê Ngân, Trịnh Khả, Lê Văn Linh… nên đất nước thịnh trị, nhân dân no đủ.
Tuy vậy, đến khi vua Lê Thái Tông đã trưởng thành, muốn tự mình nắm quyền triều chính, ông quyết định dẹp trừ hết các đại thần.
Đầu tiên, tháng 6/1437, vua Lê Thái Tông giết Tể tướng Lê Sát, giao quyền Tể tướng cho Lê Ngân. Vua còn ban cho Lê Ngân một người vợ lẽ của Lê Sát. Con gái của Lê Ngân là Lê Nhật Lệ đã được tuyển vào cung làm vợ vua, đang ở cấp Chiêu nghi được phong lên làm Huệ phi.
Tuy nhiên, tột đỉnh vinh hoa của gia đình Lê Ngân kéo dài không lâu. Chỉ 6 tháng sau, mùa đông năm ấy, đã có người tố giác với nhà vua việc trong nhà Lê Ngân thường thờ phật Quan âm “cốt để cầu cho con gái được vua yêu hơn”.
Vua Lê Thái Tông (Tranh vẽ trong tiểu thuyết lãng mạn có yếu tố lịch sử "Thành Kỳ Ý")
Vậy là nhà vua đã có cớ để loại trừ nốt vị lão thần quyền uy này. Đại Việt sử ký toàn thư viết: “Nhà vua ra cửa Đông kinh thành, sai thái giám Đỗ Đại đem 50 võ sĩ đến nhà Lê Ngân lục soát, bắt được tượng và nhiều thứ vàng bạc, vải lụa.
Ngày hôm sau, Lê Ngân vào chầu, bỏ mũ ra để tạ tội, trần tình rằng: "Trước kia thần theo khởi nghĩa ở Lam Kinh, nay thần cũng nhiều bệnh, thầy bói bảo là trong nhà thần ở, trước đây có miếu thờ Phật, vì để ô uế, nên xảy ra tai họa. Cho nên thần làm lại miếu để thờ cúng".
Lê Ngân cũng cho rằng: "Người vợ lẽ đã bị bỏ của thần là Nguyễn thị và người vợ lẽ của Lê Sát là Trần thị đã ban cho thần, cả hai người đều thù oán thần, cùng với đứa gia nô điêu ngoa của thần thêu dệt bày đặt cho ra chuyện đó”.
Ông than thở: “Tiên đế biết rõ lòng thần, thường vẫn ưu ái bao dung. Nay gân sức của thần đã mỏi mệt lắm rồi, xin cho được về quê để sống hết tuổi tàn còn lại. Nếu nghe những người xung quanh mà tra tấn người nhà của thần, khi bị đánh đau quá, nhất định chúng sẽ khai khác đi, thì thân thần sợ không giữ được, xin bệ hạ nghĩ lại cho".
Tể tướng Lê Ngân phải tự kết liễu cuộc đời chỉ vì trong nhà có bàn thờ Phật
Tất nhiên, vua Thái Tông đã quyết phải dứt bỏ bằng được vị lão thần này nên nào có nghe, vẫn sai tra khảo nô tì trong nhà ông, rồi bắt ông tự chết ở nhà, tịch thu gia sản, giáng Huệ phi Nhật Lệ, con gái Lê Ngân làm Tư dung, là cấp bậc thấp nhất trong hàng ngũ vợ vua.
Những nhân vật khác trong vụ án “mê tín dị đoan” này cũng bị xứ án nặng. Mụ đồng họ Nguyễn bị đày ra châu xa. Thầy phù thủy Trần Văn Phương bị đồ làm lính ở phường nuôi voi.
Cũng may cho Tư dung Lê Nhật Lệ khi không bị vua đoạt mạng, tuy nhiên sử sách không viết về số phận của bà nữa, vì chỉ 5 năm sau, Lê Thái Tông đã bất ngờ qua đời ở Lệ Chi Viên khi mới 19 tuổi.
Lê Ngân sinh năm nào chưa rõ, ông là người đất Lam Sơn, Thanh Hóa, cùng quê với vua Lê Thái Tổ.
Từng theo Lê Lợi ngay từ những ngày đầu của khởi nghĩa Lam Sơn, Lê Ngân lập nhiều chiến công. Tên tuổi ông gắn liền chiến thắng Bồ Đằng, Khả Lưu, Nghệ An, Thuận Hóa, Tây Việt, Đông Đô…
Nhờ có nhiều công lao trong cuộc khởi nghĩa, đến năm 1429, khi Lê Thái Tổ định công ban thưởng và khắc biển ghi tên các bậc khai quốc công thần, ông được xếp hàng thứ tư, tước Á thượng hầu (tước này chỉ ban cho Lê Ngân).
Sau tai nạn năm 1437, đến năm 1448, đời vua Lê Nhân Tông, các đại thần mới tâu với vua xin cho con trai của ông làm Đội trưởng quân Bảo ứng. Năm 1453, nhân kỳ đại xá, vua Lê Nhân Tông mới cấp trả cho con ông 100 mẫu ruộng.
Đến năm 1484, vua Lê Thánh Tông truy tặng ông là Thái phó Hoằng quốc công.
Sách Đại Việt thông sử của Lê Quý Đôn đã nhận định: “Lê Ngân là bậc công thần mở nước, chết không đáng tội”.
