Ngày 12.11.2013, VietJetAir cho biết, ngay sau khi cơn bão Haiyan chuyển hướng và không còn ảnh hưởng đến Việt Nam, VietJetAir đã khai thác bay trở lại bình thường, đồng thời tăng chuyến trên một số đường bay để phục vụ hành khách bị kẹt do bão.
Trước đó, trong 2 ngày 9.11 và 10.11.2013 bị ảnh hưởng do bão, để đảm bảo an toàn cho hành khách, VietJetAir đã phải hủy một số chuyến bay đến và đi từ sân bay Hải Phòng, Vinh, Đà Nẵng, Huế và Quy Nhơn. Một số chuyến bay từ TP.HCM đi Hà Nội và ngược lại tuy không thay đổi lịch bay, nhưng phải thay đổi hành trình bay, vòng sang không phận của các nước bạn Lào và Campuchia để tránh bão.
Đến ngày 12.11.2013, tất cả các chặng bay của VietJetAir đã hoạt động trở lại bình thường. Một số đường bay như TPHCM – Vinh đã được tăng gấp đôi để phục vụ nhu cầu đi lại của hành khách.
