12 năm sau khi mộ của thân phụ bị thất lạc, vua Gia Long đã tìm được hài cốt của cha, và xác định được huyết thống bằng một phương pháp hết sức kỳ bí.
Thân phụ của vua Gia Long là vương tử Nguyễn Phúc Luân (còn có tên khác là Côn), con thứ hai của chúa Nguyễn Võ Vương Nguyễn Phúc Khoát. Trên ông còn có người anh là Nguyễn Phúc Chương, sớm qua đời vào năm 1763.
Năm 1765, chúa Nguyễn Phúc Khoát mất, để lại di chiếu truyền ngôi cho Nguyễn Phúc Luân. Nhưng quyền thần Trương Phúc Loan cùng một số gian thần khác thay đổi di chiếu, lập em của ông là Nguyễn Phúc Thuần mới 11 tuổi lên ngôi chúa để dễ bề giám sát, khống chế.
Còn Nguyễn Phúc Luân thì bị tống giam vào ngục, vì bệnh tật, lo buồn, ông qua đời cuối năm 1765, hưởng dương 33 tuổi. Mộ của ông táng tại xã Cư Chánh, huyện Hương Thủy, Thừa Thiên.
Sau khi quyền thần Trương Phúc Loan nắm quyền, triều chính Đàng Trong suy nát, ở phía Nam, quân Tây Sơn nổi lên, đánh ra Phú Xuân. Ở phía Bắc, thấy họ Nguyễn suy yếu, họ Trịnh đem quân tấn công, vượt sông Gianh đánh xuống.
Năm 1775, quân Trịnh chiếm được Phú Xuân, chúa tôi nhà Nguyễn chạy vào Nam. Năm 1777, ở miền Nam, quân Tây Sơn bắt được các chúa Nguyễn Phúc Dương, Nguyễn Phúc Thuần và nhiều hậu duệ chúa Nguyễn khác và giết hết, duy nhất hoàng tôn Nguyễn Phúc Ánh, khi đó 15 tuổi, chạy thoát ra đảo Thổ Chu.
Năm 1786, Nguyễn Huệ đánh ra Bắc, chiếm được thành Phú Xuân đang nằm trong tay tướng Trịnh là Phạm Ngô Cầu.
Vua Gia Long
Sau khi đánh bại quân Thanh mùa Xuân năm 1789, sang năm 1790, vua Quang Trung trở về Phú Xuân, và theo sử sách nhà Nguyễn viết lại, ông cho phá mộ của các đời chúa Nguyễn. Mộ của vương tử Nguyễn Phúc Luân cũng bị phá, hài cốt đem đổ xuống sông.
Sử nhà Nguyễn viết, khi Tây Sơn khai quật hài cốt Nguyễn Phúc Luân ném xuống sông thì một hôm có người ngư dân làng Cư Chánh là Nguyễn Ngọc Huyên bỏ lưới bắt cá, sau ba lần đều thấy cái sọ nằm trong lưới. Huyên cho là sọ của một vị nào anh linh nên kiếm nơi an táng tử tế.
Truyền thuyết kể rằng sau 2 lần chiếc sọ chui vào lưới, Nguyễn Ngọc Huyên đã hoảng sợ ném chiếc sọ đi và khấn thầm "nếu đây là chiếc sọ của ngài nào có quyền lực linh thiêng thì xin trở lại trong vó của tôi". Thấy chiếc sọ lại vào lưới lần thứ 3, ông mới tìm nơi chôn cất.
Sách Đại Nam Liệt truyện cũng ghi lại, việc giữ gìn hài cốt các chúa Nguyễn có công của bà Công chúa Nguyễn Phúc Ngọc Tuyên, con thứ hai của Võ Vương. Bà đã sai con rể là Nguyễn Đức Tuấn cùng sư già thân tín bí mật đến các xã Định Môn, Kim Ngọc, Cư Chánh, dặn người dân sở tại theo dõi tìm cách bảo hộ lấy hài cốt. Những người giữ gìn được hài cốt của Nguyễn Phúc Luân và Nguyễn Ngọc Huyên cùng các con là Ngọc Hồ, Ngọc Đoài.
Năm 1802, sau khi đánh được nhà Tây Sơn, vua Gia Long lên ngôi, đi tìm lại hài cốt của thân phụ, nghe người làng tường thuật, ngài cho đòi Ngọc Huyên bảo chỉ chỗ chôn hài cốt.
Khi đào được sọ lên, vua chích huyết ở tay mình cho giọt vào sọ, sọ liền hút những giọt huyết này. Theo quan niệm của người xưa, đây là cách thử này cho biết mối liên hệ ruốt thịt giữa hai người. Phương pháp này, hiện ngành pháp y, y học hiện đại cho rằng không đủ cơ sở khoa học. Tuy nhiên, vào thời xưa, đây là phương pháp được công nhận và tin dùng.
Cơ Thánh lăng
Sau khi biết đích xác là hài cốt của cha mình, vua Gia Long lệnh cho cải táng hài cốt tại nơi chôn cất cũ, đặt tên là Cơ Thánh lăng. Do lăng chỉ chôn hộp sọ của Nguyễn Phúc Luân, nên dân địa phương vẫn quen gọi là Lăng Sọ.
Năm 1806, vua Gia Long truy tôn cha là Hưng Tổ, và xây đền thờ cha với tên gọi là Hưng Miếu.
Về phần Nguyễn Ngọc Huyên, sách Đại Nam thực lục (quyển I) chép: Vua Gia Long phong cho Ngọc Huyên chức Cai đội, đến năm Minh Mệnh thứ 11 (1830) được phong tước An Ninh bá, con là Ngọc Hồ, Ngọc Đoài tòng quân ở Bình Định cũng được gọi về hậu thưởng cho.
Khi Nguyễn Ngọc Huyên mất, nhớ ơn ông, vua Gia Long đã cho lập miếu thờ ông ngay bên cạnh lăng mộ chúa Nguyễn Phúc Luân.
>> Xem thêm: Bà hoàng thái hậu cuối cùng của triều Nguyễn và lời tiên tri kỳ lạ của ông thầy địa lý
