Là người nổi danh với tài trị nước, nhưng Hoàng Thái hậu Ỷ Lan lại để lại tiếng xấu vì một hành động lỡ lầm của quá khứ. Có lẽ vì vậy mà cuối đời, bà đã xây rất nhiều ngôi chùa để sám hối.
Bà Ỷ Lan (có sách viết tên thật là Lê Thị Yến) là người lưu danh trong lịch sử với giai thoại về việc đứng ở gốc lan, không màng đến việc vua Lý Thái Tông đi xem hội mà lại được vua để ý, cho vời vào trong cung, ban cho danh hiệu là Ỷ Lan phu nhân.
Bộ Đại Việt sử ký toàn thư chép: "Vua Lý Thái Tông đã 40 tuổi mà chưa có con trai, sai chi hậu nội nhân là Nguyễn Bông làm lễ cầu tự ở chùa Thánh Chúa, đến sau Ỷ Lan phu nhân có mang, sinh thái tử Càn Đức, tức Lý Nhân Tông".
Nhân việc lành sinh thái tử, vua Lý Thái Tông cho đổi niên hiệu là Long Chương Thiên Tự (1066), sách lập hoàng thái tử, đại xá cho thiên hạ. Ỷ Lan phu nhân cũng được phong làm Thần phi.
Năm 1069, vua đi đánh Chiêm Thành, giao cho Nguyên phi Ỷ Lan coi việc nước. Lúc đầu quân của vua đánh mãi không được, rút quân trở về, nghe tin Nguyên phi coi việc nội trị mà lòng dân cảm hóa vui vẻ, trong nước yên tĩnh, nhân dân gọi bà là Quan Âm.
Vua nói: "Nguyên phi là đàn bà mà còn làm được như thế, ta là đàn ông thì được việc gì", rồi quay binh đánh tiếp, lần này thắng được, bắt được vua Chiêm.
Tượng Nguyên Phi Ỷ Lan trong khu Đền thờ Bà, xã Dương Xá, huyện Gia Lâm, Hà Nội.
Năm 1072, vua Lý Thánh Tông băng hà, Hoàng thái tử Càn Đức lên nối ngôi lúc mới được 7 tuổi, tức Lý Nhân Tông, tôn mẹ đẻ là Ỷ Lan nguyên phi lên làm Linh Nhân Hoàng thái phi, mẹ đích (vợ cả của vua cha) là Thượng Dương Hoàng thái hậu, được buông rèm cùng vua nghe chính sự, thái sư Lý Đạo Thành giúp đỡ công việc.
Từ sự kiện này, bắt đầu nảy sinh vết đen trong cuộc đời bà Ỷ Lan. Sử viết, Linh Nhân Hoàng thái phi có tính ghen ghét, cho rằng mình là mẹ đẻ của vua mà không được dự chính sự, mới nói với vua rằng: "Mẹ già này khó nhọc mới có ngày nay, mà bây giờ phú quý người khác được hưởng, toàn để mẹ già này vào đâu?".
Vua tuổi còn thơ, nghe mẹ nói vậy liền nghe theo, sai giam Thượng Dương Hoàng thái hậu cùng 76 thị nữ vào cung Thượng Dương, rồi ép phải chết, cho chôn theo lăng Lý Thánh Tông. Lúc đó, vị quan đầu triều là Lý Đạo Thành đã bị vua điều ra trấn thủ tại Nghệ An, nên cũng không ai can gián được.
Về việc này, sử thần Ngô Sĩ Liên có lời bàn: “Nhân Tông là người nhân hiếu, Linh Nhân là người sùng Phật, sao lại đến nỗi giết đích Thái hậu, hãm hại người vô tội, tàn nhẫn đến thế ư?”.
Sau này, Thái hậu hối về việc Thượng Dương thái hậu và các thị nữ vô tội mà bị chết, làm hàng trăm chùa thờ Phật để sám hối rửa oan.
Ỷ Lan Thái hậu cũng làm một số việc có ích cho dân, như mùa xuân năm 1103, bà cho xuất tiền kho nội phủ để chuộc những người con gái nhà nghèo đã bán đợ mình, đem gả cho những người có vợ. Thái hậu còn hướng cho nhà vua tôn sùng đạo Phật, như đều đặn lễ Phật vào ngày rằm, mùng một, hằng năm tổ chức lễ tắm Phật vào ngày Phật Đản...
Đền thờ Nguyên phi Ỷ Lan
Tuy vậy, đến khi Ỷ Lan Hoàng Thái hậu băng hà, được hỏa táng (tháng 7 năm 1117), thì tục tuẫn táng dưới triều Lý vẫn còn rõ rệt, khi vua bắt 3 người thị nữ chôn theo. Cho nên dù Hoàng Thái hậu Ỷ Lan đã xây chùa, sám hối, thì tính mạng của những cung nữ bình thường vẫn không hề được coi trọng.
Sử thần Ngô Sĩ Liên phân tích: "Hỏa táng là theo Phật giáo, chôn theo là tục từ nhà Tần bên Trung Quốc. Lý Nhân Tông làm cả hai việc ấy, có thể là theo lời dặn của Ý Lan Thái hậu chăng?".
Do đó, dù có nhiều công trạng với nước, với dân, thì những vết đen trong cuộc đời Ỷ Lan hoàng thái hậu đến muôn đời vẫn không phai được.
Con bà, vua Lý Nhân Tông không có con trai, phải lấy người cháu gọi là bác tên là Dương Hoán, con Sùng Hiền hầu, lập làm thái tử. Khi Nhân Tông băng hà, thái tử được lập lên ngôi, tức vua Lý Thần Tông.
